El cuerpo de los reptiles está cubierto con un exoesqueleto de escamas epidérmicas queratinizadas, a veces con el añadido de algunas placas óseas dérmicas; tegumento con pocas glándulas.
Extremidades pares, normalmente con cinco dedos, adaptadas para trepar, correr o nadar; son vestigiales o faltan en las serpientes y en algunos lagartos.
Esqueleto bien osificado; costillas con esternón (no existe en las serpientes) que forman una caja o «jaula» torácica completa; cráneo con un cóndilo occipital.
La respiración de los reptiles se produce a través de pulmones con una mayor superficie respiratoria, que se llenan por absorción; sin branquias; cloaca, faringe o tegumento utilizados por algunos para respirar.
Riñón metanéfrico (par); ácido úrico como principal residuo nitrogenado.
El sistema nervioso de los reptiles está formado por dos lóbulos ópticos en la región dorsal del encéfalo; 12 pares de nervios craneales además del nervio terminal; cerebro ensanchado.
Sexos separados; fecundación interna; el órgano copulador es un pene, un hemipene, o raramente falta.
Huevos cubiertos con un cáscara calcárea o coriácea; membranas extraembrionarias (amnios, corion y alantoides) durante la vida embrionaria; sin estados larvarios acuáticos.